Sejak Tahun 1994, Romo Mangun telah melakukan eksperimentasi untuk menemukan metode pembelajaran dalam pendidikan humanis yang mengembangkan jiwa eksploratif, kreatif, integral dan komunikatif melalui SDKE Mangunan. Selama Eksperimentasi dilakukan dengan mengoptimalkan sumber belajar lokal dengan menggunakan metode belajar aktif.
-Sejarah TK Eksperimental Mangunan-
Ketika awal eksperimentasi dilakukan, Sekolah Dasar Mangunan pernah memiliki Taman Kanak-kanak (TK ) yang disebut TK Mangunan.
Berdasarkan keputusan Rapat Organ Yayasan DED pada tanggal 18 Desember 2010,maka mulai Tahun Ajaran 2011-2012, TK Mangunan kembali melaksanakan kegiatan belajar mengajar setelah mengalami kevakuman sekitar 14 tahun untuk membantu anak pra sekolah menyiapkan diri menjadi pembelajar sejati.
TK Eksperimental Mangunan didirikan pada tanggal 1 Juli 2011 oleh Yayasan Dinamika Edukasi Dasar berdasarkan Nomor SK: SK 001/TK/DED/VII/2011. Pada tanggal 31 Desember 2014 TK Eksperimental Mangunan mendapatkan ijin operasional dari Dinas Pendidikan Pemuda dan Olahraga berdasarkan SK No. 229/KPTS/2014.
Taman Kanak-kanak adalah sebuah terobosan strategis untuk menyiapkan anak terutama secara sosial dan emosional untuk mengalami pendidikan formal di SD. Masyarakat sekitar Dusun Mangunan dan orang tua murid mendesak agar TK Mangunan kembali melaksanakan kegiatan belajar.