SD Eksperimental Mangunan Gowongan merupakan sekolah dasar yang tumbuh dari semangat pendidikan kontekstual dan berpihak pada anak, sebagaimana dirintis oleh Romo Y.B. Mangunwijaya. Sekolah ini awalnya berdiri dengan semangat kemandirian, menjawab kebutuhan pendidikan yang manusiawi dan relevan bagi anak-anak di kawasan Gowongan, Yogyakarta.
Selama bertahun-tahun, SD ini mengembangkan pendekatan pembelajaran yang kreatif, partisipatif, dan membumi. Kegiatan belajar mengajar tidak hanya berfokus pada akademik, tetapi juga pada penumbuhan nilai-nilai kemanusiaan, keberanian berpikir, serta kepedulian sosial dan ekologis.
Tonggak penting dalam sejarah sekolah ini terjadi pada 8 Februari 2022, ketika SD Eksperimental Mangunan Gowongan resmi bergabung ke dalam naungan Yayasan Dinamika Edukasi Dasar (YDED). Bergabungnya sekolah ini menandai langkah baru dalam memperkuat jaringan sekolah eksperimental yang memiliki semangat dan nilai yang sejalan.
Melalui integrasi ini, SD Eksperimental Mangunan Gowongan terus melanjutkan perjalanannya sebagai bagian dari ekosistem pendidikan yang lebih luas — yang tidak hanya mendidik anak menjadi cerdas, tetapi juga utuh sebagai manusia yang berpihak pada kehidupan.