SMP Eksperimental Mangunan berdiri secara resmi di tahun 2017 dan mulai beroperasional pada tanggal 06 Juli 2018.
“SMP Eksperimental Mangunan merupakan pendidikan lanjut dari TK dan SD Eksperimental Mangunan. SMP Eksperimental Mangunan mengembangkan pendidikan dengan menerapkan Kurikulum Mangunwijaya yang tercermin dalam Pohon Kurikulum Mangunwijaya dengan mengedepankan dan mengutamakan proses pendampingan anak dengan Eksploratif, Kreatif dan Integral.”
-SMP Eksperimental Mangunan-
Awal beroperasional SMP berada di dua area yakni Kompleks SD Eksperimental Mangunan di dusun Mangunan, Berbah, Sleman, Yogyakarta dan di Sorogenen, Purwomartani, Kalasan, Sleman. Untuk saat ini menempati lahan di Dusun Cupuwatu II, Purwomartani, Kalasan, Sleman, Yogyakarta.