Dalam gambaran pohon tersebut terlihat, bagaimana ekosistem yang sadar tentang anak, alam dan alat berjalan secara organis. Oleh karenanya terdapat 3 tahapan penting dari Pedagogi Mangunwijaya:
- Pengenalan potensi anak
- Pendampingan belajar anak
- Pertanggungjawaban pemekaran anak
Tahap pengenalan merupakan tahap menentukan untuk proses pendampingan. Peserta didik sebelum masuk bergabung menjadi mitra didik di Sekolah Eksperimental Mangunan terlebih dulu dipetakan mengenai tujuh modal dasarnya. Pemetaan atau pengenalan ini berfungsi sebagai:
- Based line (catatan dasar pengenalan anak),
- Menentukan strategi pendampingan, dan
- Parameter, kondisi kualitas tujuh modal anak menjadi ukuran penilaian pemekaran diri anak.
Dalam tahap pendampingan, Sekolah Eksperimental Mangunan tetap menerapkan pendampingan klasikal (perjumpaan bersama). Hanya prinsip cura personalis (pendampingan personal) menjadi prinsip dasar dan pilihan utama. Pendampingan personal muncul pada pada pilihan metode penilaian yang menggunakan penilaian proses dan hasilnya dideskripsikan. Selain itu, peserta didik mendapat pelayanan dan perhatian khusus saat mengalami permasalahan pribadi (bukan hanya permasalahan akademis). Untuk mencapai pendampingan personal, kunci utama keberhasilnya adalah kedekatan relasi guru dengan peserta didik. Kelengkapan dan kedetilan data pengenalan anak juga menjadi hal penting pendampingan. Untuk itu, guru juga melakukan home visit (kunjungan keluarga) untuk semakin mengenal peserta didik dan membangun komunikasi dengan keluarga untuk pemekaran anak.
Pertanggungjawaban menggunakan prinsip assessment (assedere: duduk di samping). Pendamping terlibat bersama dalam pembelajaran sehingga mengetahui semua aktivitas pembelajaran. Dalam pertanggungjawaban, pendamping (guru) memberikan gambaran capaian belajar peserta didik sekaligus memberikan rekomendasi untuk upaya perkembangan selanjutnya. Fokus pengamatan dalam proses pembelajaran adalah tujuh modal anak. Sehingga, di akhir proses pembelajaran, guru bisa memberi pertanggungjawaban kondisi tujuh modal anak setelah menjalani proses pendampingan. Lebih tepatnya, pertanggungjawaban ini menggunakan formative assessment.
Pertanggungjawaban yang berorientasi untuk pemekaran anak dengan melihat capaian belajar peserta didik baik di akhir maupun di proses belajar.
Konsep Pendagogi Mangunwijaya sudah sangat bagus bahwa Peserta didik atau anak diajak untuk menemukan hal hal yang menjadi daya tarik di lingkungan sekitar sehingga akan tumbuh semangat keingintahuan anak lebih dari apa yang dilihat langsung sehingga sikap heran dan kagum anak akan dilanjutkan dengan sikap keingintahuan suatu pengetahuan baru dalam kehidupan yang nyata ini atau lingkungan sekitar yang di jumpai anak atau peserta didik.