Awal mula SD Kanisius Mangunan berdiri pada tanggal 1 Agustus 1964 beralih menjadi SD Eksperimental Mangunan 23 Agustus 2021.
-SD Eksperimental Mangunan-
SD Kanisius Mangunan, berdiri sekitar 1993-1994 hampir tutup dikarenakan keterbatasan jumlah murid. Dengan dasar Rm Mangunwijaya dengan idealismenya tentang pentingnya pendidikan dasar, maka beliau berjuang mempertahankan sekolah SD Kanisius Mangunan dengan cara mencari siswa dari rumah ke rumah, dan menjalin mitra dengan lembaga yang membantu pendanaannya. Termasuk juga bermitra dengn Menteri Pendidikan kala itu, Wardiman Djoyonegoro.
Sepeninggal Rm Mangun, sempat tidak menerima siswa, namun kemudian kembali bergeliat dan mulai dibuka untuk umum agar dapat terjadi subsidi silang untuk pembiayaannya.
Cikal bakal SDE Mangunan 1994 itu Rm Mangunwijaya, berperan juga trimitra dan pemerintah kabupaten Sleman pada proses hukum (legalisasinya).
Minat semakin tinggi, jumlah murid bertambah, sampai dirasa juga perlu memiliki bangunan sendiri. Ada keyakinan bahwa sekolah ini diperlukan dan akan memberi dampak baik bagi pendidikan di Indonesia. Maka Yayasan mengajukan alih kelola, membangun sekolah, dan saat ini berada di Cupuwatu 2 di bawah Yayasan Dinamika Edukasi Dasar.